Такой же извечный вопрос, как про яйцо и курицу. И в том, и в другом случае есть свои плюсы и минусы:
а) Сначала ремонт
+ все "мокрые" работы позади, нет риска повредить деревянные окна
+ легче подбирать цвет деревянных окон - интерьер уже готов
- даже с использованием пылезащитного купола какое-то количество пыли попадает на свежеокрашенные стены и потолки
- после установки деревянных окон необходимо устанавливать (либо отделывать) откосы - опять грязь и пыль
- необходимо точно подгадать дату окончания ремонта (стройки) ко времени изготовления деревянных окон
б) Сначала деревянные окна
плюсы становятся минусами, и наоборот
Идеальный вариант: вначале проводятся мокрые работы по стяжке и штукатурке, затем - установка деревянных окон и откосов, а после этого - "беловые работы" (полы, обои и т.д.).